三氟乙酸主要用于合成多种含三氟甲基和杂环的除草剂，

目前可以合成多种带有吡啶基、喹啉基的新型除草剂；

作为极强的质子酸，它广泛用于芳香族化合物烷基化、酰基化、烯烃聚合等反应的催化剂；

作为溶剂，三氟乙酸是氟化、硝化及卤代反应的优良溶剂。